
Der Bildschirm bzw. die Leinwand ist schwarz. Unmengen kryptischer leuchtendgrüner Zeichen laufen in unendlichen Reihen herunter. Hierbei, wie später offenbar wird, handelt es sich um die Matrix, die decodiert anzusehen, aufgrund mangelnder Rechnerleistung, den Menschen der realen Welt nicht möglich ist. Zwei Personen führen einen Dialog.
Person 1: „Du bist doch gar nicht dran.“ - Person 2: „Ich weiß. Aber ich hatte Lust 'ne Schicht zu übernehmen.“ - Person 1: „Er gefällt Dir. Siehst ihm gerne zu.“ - Person 2: „Mach Dich nicht lächerlich.“ - Person 1: „Wir werden ihn umbringen. Kapiert?.“ - Person 1: „Morpheus glaubt er ist der Auserwählte.“ - Person 1: „Und Du?“ - Person 2: „Es spielt keine Rolle was ich glaube.“ - Person 1: „Du glaubst nicht dran.“ - Person 2: „ Bist Du sicher, dass die Leitung sauber ist?“ - Person 1: „Na klar!“ - Person 2: „Trotzdem ich muss los.“
Auf einer Straße, vor einem heruntergekommenen Hotel. Viele uniformierte Polizisten sind versammelt, sie beabsichtigen eine Festnahme durchzuführen. Eine schwarze Limousine hält und ein Mann im grauen Anzug mit zwei Kollegen steigt aus, spricht mit dem Vorgesetzen der Polizisten und übernimmt das Kommando. Sie betreten das Gebäude um den Einsatz in eigener Regie fortzuführen. Währenddessen stürmt eine Gruppe uniformierter Polizisten im Hotel ein Zimmer. In diesem sitzt Person 2 mit dem Rücken zur Tür. Es gelingt ihr die Polizisten im waffenlosen sowie bewaffneten Nahkampf auszuschalten und sich so der Festnahme zu entziehen. Person 2 greift zum Mobiltelephon (Person 2: „Morpheus, die Leitung ist irgendwie entdeckt worden. Sind Agenten in der Nähe?“ - Morpheus:„Ja!“ - Person 2: „Verdammt!“ - Morpheus:„Konzentrier' Dich Trinity. Wells/Ecke Lake ist eine Telephonzelle. Du schaffst es!“ - Trinity (Person 2):„Okay.“). In einere rasanten Flucht über die Dächer der Stadt gelingt es Trinity dann auch den Agenten zu entkommen, die Telephonzelle zu erreichen und rechtzeitig die Matrix zu verlassen bevor die Agenten mit einem Lkw die Telephonzelle zertrümmern.
Auf den Trümmern der Telephonzelle beraten drei Agenten ihr weiteres Vorgehen (Agent X:„Sie ist weg.“ - Agent Smith:„Spielt keine Rolle.“ - Agent Y:„Unser Informant hatte recht.“ - Agent Smith:„Mmh, ja.“ - Agent X:„Wir müssen das „Search-Programm“ starten.“ - Agent Smith:„Läuft bereits!“).
Jeder Aufenthalt der freien Menschen in der Matrix und insbesondere die Suche nach dem Auserwählten, so wird damit von Anfang an klar, ist kein harmloses Räuber&Gendarm-Spiel sondern ein, gerade von den Maschinen initiierter und mit allen Mitteln ausgefochtener, Kampf auf Leben und Tod.
Tagsüber ist Thomas A. Anderson Mitarbeiter einer respektablen Softwarefirma. Carpe noctem agiert er aber als Hacker unter dem Pseudonym „Neo“ und verkauft nebenbei Software unter der Hand. Hauptsächlich aber plagt ihn eine beinahe unerträgliche Ungewißheit.
(Morpheus wird es später, als Neo ihm zum ersten Mal begegnet, so formulieren:„Ich will Dir sagen warum Du hier bist. Du bist hier weil Du etwas weißt. Etwas das Du nicht erklären kannst. Aber Du fühlst es. Du fühlst es schon Dein ganzes Leben lang das mit der Welt etwas nicht stimmt. Du weißt nicht was, aber es ist da. Wie ein Splitter in Deinem Kopf der Dich verrückt macht.“).Aus diesem Grund ist Thomas A. Anderson auf der Suche nach jenem legendären Morpheus, der Person die als der gefährlichste Mensch der Welt betrachtet wird und von der er sich, als Erlösung von seinen Qualen, die Antwort auf die Frage „Was ist die Matrix?“ erhofft.
Eines Abends, als Neo vor seinem Computer eingenickt ist, stehen plötzlich Worte auf dem Monitor, die er nicht selbst geschrieben hat. Dort steht: „The Matrix has you“ („Die Matrix hat dich“). Die anonyme Person fordert ihn auf, einem weißen Kaninchen zu folgen (Originalzitat: „Follow the white rabbit!“). „Knock, knock, Neo…“, sind die nächsten Worte auf dem Bildschirm – und in dem Moment klopft es tatsächlich an seiner Tür. Er öffnet sie und vor ihm steht ein Kunde namens Choi, welcher für 2.000 US-Dollar illegale Software von ihm erwirbt. Neo wickelt das Geschäft ab und bekommt von Choi den Vorschlag, mit ihm durch die Stadt zu ziehen (Choi: „Du siehst blasser aus als sonst.“ – Neo: „Mein Computer… Kennst Du das Gefühl wenn Du nicht weißt, ob Du wach bist oder noch träumst?“ – Choi: „Mmh, kenn' ich gut. Nennt sich Meskalin, das Ticket zum Abheben. Hey, kann es sein, dass Du ein bisschen zu oft vorm Bildschirm rumhockst? Du brauchst mal 'ne Auszeit. Was meinst Du Danny (zu seiner weiblichen Begleitung), nehmen wir ihn mit auf Tour?“). Erst möchte Neo nicht, da er am nächsten Tag arbeiten muss, doch als er das weiße Kaninchen als Tätowierung auf der Schulter von Chois Begleitung (in der dt. Synchronfassung "Danny" im engl. Original "Dujour") sieht, willigt er ein.
Neo findet sich in einem Club wieder, steht aber mehr abseits, da ihm nicht nach Tanzen ist. Eine Frau tritt an ihn heran (Trinity: „Hallo Neo“ – Neo: „Woher weißt Du diesen Namen?“ – Trinity: „Ich weiß eine Menge über Dich.“ – Neo: „Wer bist Du?“ – Trinity: „Mein Name ist Trinity.“) Neo erkennt in ihr erstaunt diejenige, die die Datenbank des Bundesschatzamtes „gecrackt“ hat (Neo: „Gott.“ – Trinity: „Was?“ – Neo: „Ich dachte Du wärst 'n Kerl.“ – Trinity: „Denken alle Kerle!“). Sie warnt ihn vor der Matrix, kann ihm aber jetzt noch nichts Genaueres sagen, nur so viel, dass er beobachtet wird. Aber wenn er wirklich eine Antwort auf die Frage Was ist die Matrix? erhalten möchte, dann wäre das möglich, er müsse es nur wollen. Trinity verschwindet ebenso schnell wie sie aufgetaucht war. (Musik: Rob Zombie – Dracula (Hot Rod Herman Remix) / The Prodigy – Mindfields)
Am nächsten Morgen verschläft Neo. Er erscheint zu spät zur Arbeit und muss sich eine Standpauke von seinem Chef anhören. Unmittelbar nachdem er an seinem Arbeitsplatz in einem Großraumbüro angelangt ist, bekommt er einen Großbrief, dessen Inhalt jedoch nur aus einem Mobiltelefon (das durch diese Filmszene zum Kulthandy avancierte Nokia 7110) besteht. Kaum hält er dieses in der Hand, klingelt es auch schon (Morpheus: „Weißt Du wer dran ist?“ – Neo: „Morpheus!“ – Morpheus: „Ich weiß nicht, ob Du für das, was ich ich Dir zeigen will, schon bereit bist, aber leider bleibt uns keine Zeit. Sie kommen, und ich weiß nicht was sie vorhaben.“ – Neo: „Wer?“ – Morpheus: „Sieh selbst. Am Lift.“). Neo erhebt sich, um nachzusehen, wobei ihn Morpheus auffordert, dies langsam zu tun. Neo erkennt drei Agenten, welche zu ihrer Verstärkung Polizisten mitgebracht haben und gerade den Aufzug verlassen. Morpheus verdeutlicht Neo, dass die Lage zwar ernst ist, er aber durchaus eine Möglichkeit habe zu entkommen. Allerdings müsse Neo genau das tun, was er, Morpheus, ihm sage. Neo fügt sich und schafft es diesen Anweisungen folgend, von Agenten, Polizisten und den lieben Kollegen unbemerkt, in ein kleines Büro zu gelangen. Dort angekommen, erklärt ihm Morpheus, dass es nur zwei Möglichkeiten zum Verlassen des Hochhauses gebe, entweder in Handschellen oder mittels einer Balancepartie an der Außenfassade des Bürohochhauses in schwindelerregender Höhe, welche ihn zu einem Kran und über diesen letztlich auf das Dach führen solle. Neo ist jedoch nicht schwindelfrei, es gelingt ihm daher nicht, sich auf das Dach zu begeben, so dass es den Agenten doch gelingt ihn festzunehmen und abzuführen. Während die Agenten Neo in ihren Dienstwagen verfrachten, ist Trinity zugegen, und es gelingt ihr, sich gerade noch rechtzeitig auf ihrem Motorrad davonzumachen, bevor sie selbst ebenfalls ins Visier der Agenten gerät.
In einem kargen Verhörzimmer erlebt Neo dann einen Albtraum. Agent Smith präsentiert ihm eine umfangreiche Polizeiakte (mit den Worten: „Wie Sie sehen haben wir Sie seit geraumer Zeit im Auge Mr. Anderson. Wie es scheint führen sie ein Doppelleben. In Ihrem einen Leben sind Sie Thomas A. Anderson, Programmierer bei einer respektablen Softwarefirma. Sie haben eine Sozialversicherungsnummer, zahlen Steuern und Sie helfen alten Leuten den Müll hinaus zu bringen. In Ihrem anderen Leben sind Sie bekannt als Neo, der große Hacker, der nahezu jedes mögliche Computerverbrechen begangen hat. Eines dieser zwei Leben hat eine Zukunft, das andere nicht!“). Dann wird Neo ein Deal vorgeschlagen, der die Auslieferung von Morpheus beinhaltet. Neos Begeisterung hält sich jedoch in Grenzen (Neo: „Das klingt ja nach einem echt guten Deal. Aber ich weiß, glaub' ich, was Besseres. Wie wär's, wenn sie sich den sonstwohin stecken (Neo zeigt den Agenten den Mittelfinger) und mich inzwischen telefonieren lassen?“). Nach der Erwiderung durch Agent Smith („Ach Mr. Anderson, Sie enttäuschen mich.“ – Neo: „Glauben Sie, Sie können mich mit diesem Gestapo-Scheiß beeindrucken? Ich kenne meine Rechte, und ich will sofort telefonieren!“ – Agent Smith: „Sagen Sie, Mr. Anderson, was nützt schon ein Telefonat, wenn man nicht im Stande ist zu sprechen?“) wachsen seine Lippen plötzlich zusammen. Zuguterletzt wird auf ihn noch eine Art Wanze angesetzt, die selbständig durch den Bauchnabel in ihn eindringt, indem die anderen zwei Agenten Neo auf einen Tisch werfen, sein Hemd herunter reißen und ihn festhalten. Glücklicherweise wacht er im selben Augenblick aus diesem Albtraum auf.
Plötzlich aber klingelt wieder sein Telefon, und Morpheus meldet sich. Er fragt Neo, ob er immer noch Interesse daran habe ihn zu treffen. Wenn ja, dann solle er zur Brücke an der Adam Street kommen. Dort angekommen hält ein schwarzes Auto, und Neo steigt hinten ein. Er blickt in den Lauf einer Pistole, und nach einer Begrüßung („Jetzt hör mal gut zu du Blödmann, es gibt hier nur eine einzige Spielregel: Entweder du steigst ein, oder du steigst aus.“) verspürt Neo den Wunsch, die zweite Alternative zu wählen. Trinity schafft es jedoch, ihn unter Hinweis auf die Irrwege seiner altbekannten Welt davon wieder abzubringen. Die Neugierde in Neo gewinnt die Oberhand, und er entscheidet sich für die Abmachung. Trinity, die mit zwei Neo noch unbekannten Begleitern (es handelt sich um Trinitys Waffenbrüder Switch und Apoc) im Wagen sitzt, entfernt daraufhin mit einem Spezialapparat die Wanze, und Neo muss erkennen, dass es doch kein Traum war.
Die Fahrt führt zu einem heruntergekommenen Hotel, in dem Neo das erste Mal mit Morpheus zusammentrifft (Trinity: „Sei ehrlich. Er weiß mehr, als Du Dir vorstellen kannst.“). Nach einer von Respekt getragenen Begrüßung (Neo: „Ist mir eine Ehre Sie kennen zu lernen.“ – Morpheus: „Nein, eine Ehre ist es für mich.“) führt Morpheus mit Neo ein erstes Gespräch. In diesem legt er ihm dar, was die Matrix ist, sagt ihm aber auch, dass es sehr schwer sei, jemandem die Matrix zu erklären und dass jeder sie selbst erleben müsse. Um Neo dies zu ermöglichen und zugleich einen Test hinsichtlich Neos Auserwähltsein durchzuführen, stellt Morpheus ihn vor eine Wahl (Morpheus: „Schluckst du die blaue Kapsel, wachst du wieder in deinem Bett auf und glaubst an das, was du glauben willst. Schluckst du die rote Kapsel, bleibst du im Wunderland, und ich führe dich in die tiefsten Tiefen des Kaninchenbaus – bedenke: alles, was ich dir anbieten kann, ist die Wahrheit, nicht mehr“). Neo schluckt die rote Kapsel und wird in einen Nachbarraum geleitet, wo sich schon Unmengen verschiedener Computer befinden und er sofort an allerlei Gerätschaften angeschlossen wird. Ein zerbrochener Spiegel, der sich plötzlich wie von Geisterhand wieder repariert, erregt Neos Aufmerksamkeit. Als er ihn anfasst, überzieht ein silbriges Metall seinen Finger und breitet sich rasch über den ganzen Körper aus. Die Gruppe um Morpheus sucht währenddessen nach einem Signal, das die kleine rote Kapsel aussendet und findet es auch gerade noch rechtzeitig.
Neo erwacht nackt, in einer Nährlösung schwimmend, mit unzähligen Verbindungskabeln an seinem Körper in einem "Kraftwerk", in dem Energie aus lebenden menschlichen Körpern gewonnen wird - der "realen" Welt. Bevor er begreifen kann, was um ihn herum geschieht, wird er von einer Maschinen-Drohne von den Verbindungen befreit und aus seinem Tank gespült, wird aber anschließend von der Nebukadnezar gerettet. Er findet sich auf einer Krankenstation in dem Hovercraft-Schiff wieder und es fällt ihm schwer dieses gänzlich andere Dasein zu akzeptieren (Neo: „Bin ich tot?“ - Morpheus: „Weit davon entfernt!“). Neo kann auch weder Muskeln noch Augen normal benutzen: Sie sind verkümmert, da er sie noch nie benutzt hat.
Nachdem seine Muskeln aufgebaut sind, erwacht Neo relativ verwirrt durch hunderte Fragen in einer rostigen Koje der Nebuchadnezzar. Er entfernt sich einen Stöpsel, der noch in einem Anschluss in seinem Arm steckte und betastet gerade den Anschluss an seinem Hinterkopf, als die Tür aufgeht und Morpheus hereinkommt, um ihm sein Schiff und seine Crew (Trinity, Apoc, Switch, Cypher, Tank, Dozer und Mouse) vorzustellen.
Morpheus lässt Neo anschließend zum ersten Mal in das „Konstrukt“, ein Computerprogramm, einklinken (Morpheus: „Das hier ist das Konstrukt, unser Ladeprogramm. Wir können alles laden: Kleidung, Zubehör, Waffen, Trainingssimulationen, alles was wir brauchen.“ – Neo: „Du meinst, wir sind jetzt in einem Computerprogramm?“ – Morpheus: „Ist das wirklich so schwer zu glauben? Die Anschlüsse an deinem Körper sind weg, du trägst andere Kleidung, deine Frisur ist ganz anders. Deine momentane Erscheinung nennen wir das Restselbstbild, die mentale Projektion deines digitalen Selbst.“). Neo ist starken Zweifeln ausgesetzt (Neo: „Das alles hier ist nicht wirklich?.“ – Morpheus: „Was ist die Wirklichkeit? Wenn du darunter verstehst, was du riechen, sehen, fühlen oder schmecken kannst, dann ist die Wirklichkeit nichts anderes als elektrische Signale interpretiert von deinem Verstand.“). Zudem erfährt Neo von Morpheus, dass die Menschheit mit den Maschinen im Krieg liegt.
Das Elend der Menschen hatte mit der Entwicklung der KI (Künstlichen Intelligenz) begonnen. Sie verselbstständigte sich jedoch, was schließlich zum Krieg zwischen Menschen und Maschinen führte. In dessen Verlauf verdunkelte die Menschheit den Himmel, um die aufständischen Maschinen von ihrer Energieversorgung (= Sonnenenergie) zu trennen. Die Maschinen suchten daraufhin nach einer Lösung für ihr Energieproblem und fingen an, auf riesigen Feldern Menschen zur Energiegewinnung zu züchten, die unter anderem mit einer Nährlösung aus den aufgelösten Toten intravenös ernährt werden. Um die Menschen unter Kontrolle zu halten, konstruierten die Maschinen die Matrix, eine computergenerierte Scheinwelt, die die Menschen, mangels anderer Erfahrung, als die reale wahrnehmen. Sie glauben zwar, ein richtiges Leben zu führen, doch in Wirklichkeit sind sie dieser Scheinwelt unterworfen und haben keine Chance, ihr zu entfliehen. Morpheus erzählt aber, dass bereits in den Entstehungstagen der Matrix ein Mann mit der besonderen Gabe, die Matrix mit seinem Willen zu lenken, geboren wurde. Die wichtigste Aufgabe der Menschen bestehe also darin, die Reinkarnation dieses „Auserwählten“ zu finden. Die Suche sei aber nun beendet.
Neo absolviert ein intensives virtuelles Training. Hierbei beginnt er, statt mit dem Bedienungshandbuch der Nebukadnezar, von Tank animiert, mit dem Erlernen von Jiu Jitsu, Kempo, Taekwondo, Savate, Drunken Boxing und Kung Fu. Neo tritt in zwei Trainingskämpfen Morpheus gegenüber, der ihm zum ersten Mal aufzuzeigen versucht, was für Neo möglich ist, sofern er wirklich an sich glaubt („Hör auf, es zu versuchen, mach es!“).
Neo gewinnt den zweiten Trainingskampf und beginnt, das Bestreben von Morpheus zu verstehen (Neo: „Ich versteh' jetzt was Sie meinen.“ – Morpheus: „Ich will deinen Geist befreien, aber ich kann dir nur die Tür zeigen. Durchgehen musst du ganz allein'.“). Anschließend lässt Morpheus Neo das „Sprungprogramm“ absolvieren. Hierbei soll Neo von einem Hochhausdach zum anderen springen, was jedoch nur möglich ist, sofern er seinen Geist tatsächlich befreit hat. Neo stürzt bei dem Versuch zu springen auf die Straße. Er erfährt nach Verlassen des „Konstruktes“ durch Morpheus (bei Neo ist in der realen Welt eine leichte Verletzung vom Sturz zurückgeblieben) Wesentliches über das Verhältnis von Matrix und Realität. (Neo: „Ich dachte es wär' nicht real.“ – Morpheus: „In deinem Kopf wird es real.“ – Neo: „Wenn du in der Matrix stirbst, was ist dann hier?“ – Morpheus: „Dein Körper kann ohne Geist nicht leben.“).
Am nächsten Morgen wird Neo dann das erste Mal in der Matrix zum Orakel gebracht. Tags zuvor hat er auch noch das von Mouse geschriebene "Agententrainingsprogramm" absolviert. Währenddessen wurde ihm von Morpheus klar gemacht, dass jeder der noch nicht befreit wurde ein potentieller Agent ist, so dass Neo in der Matrix nur sich selbst vertrauen dürfe. Morpheus macht Neo zudem mit einem weiteren Aspekt seines Auserwähltseins vertraut (Morpheus: „Ich habe Agenten durch Beton gehen sehen. Maschinengewehrsalven hämmerten auf sie ein, trafen aber nur ins Leere. Ihre Stärke kommt dennoch aus einer Welt, die auf Naturgesetzen basiert und aus diesem Grund werden sie niemals so stark und so schnell sein, wie Du es bist." - Neo: „Was bedeutet das? Dass ich einer Kugel ausweichen kann?" – Morpheus: "Nein, Neo. Wenn Du so weit bist, wird das Ausweichen nicht mehr nötig sein!"). Bevor Neo zum Orakel kommt trifft er auf einen kleinen Jungen, welcher alleine mit seinen Gedanken Löffel verbiegt (kleiner Junge: "Versuch nicht den Löffel zu verbiegen, das ist nämlich nicht möglich, versuch dir stattdessen einfach die Wahrheit vorzustellen." Neo: "Welche Wahrheit?" Junge: "Den Löffel gibt es nicht.") Neo nimmt den Löffel in die Hand und verbiegt ihn. Er ist überrascht, das Orakel als alte Dame vorzufinden, die zudem meint, dass Neo nicht der Auserwählte ist („No, I think you are not ready for it.“), nach dem Morpheus so lange sucht, da er auf irgend etwas warten würde. („Auf was? Vielleicht auf dein nächstes Leben? Wer weiß das schon.”). Weiterhin erzählt sie, dass Morpheus so stark an ihn glaube, dass er irgendwann sein Leben für ihn opfern werde. Neo habe nur die Möglichkeit, sein Leben zu opfern oder Morpheus sterben zu lassen. Einer von beiden werde sterben.
Für den Transfer in die Matrix hinein und aus der Matrix heraus wird immer ein Telefon benötigt. Auf dem Rückweg vom Orakel zu diesem greifen die „Agenten” der Matrix (= Sicherheitsprogramme, die die Matrix schützen sollen und in Menschengestalt agieren) die Gruppe an. Die Agenten wurden vorher von Cypher, einem Mitglied aus Morpheus’ Crew informiert. Cypher hält es schon lange nicht mehr aus in der wirklichen Welt und dem Dienst auf der Nebukadnedzar, da das reale Leben zwar viele Pflichten aber allzu wenig Annehmlichkeiten bietet. Außerdem stellte er Trinity nach, die diese „Liebe“ jedoch nicht erwiderte. Cypher, enttäuscht und verbittert, möchte daher in die neurointeraktive Illusion der Matrix zurückkehren und trifft sich mit Agent Smith, der schon seit längerer Zeit sein „Führungsoffizier“ ist in einem Luxusrestaurant, um einen abschließenden Handel zu vereinbaren. Dieser soll den Agenten das einbringen, wonach es sie schon immer am meisten gelüstete (Agent Smith: „Dann sind wir uns einig, Mister Riggin?“ - Cypher: „Ja! Ich will nichts mehr wissen. Ich will alles vergessen. Ihr speist meinen Körper wieder in das Kraftwerk ein, ein bisschen Schlaf und wenn ich aufwache kann ich mich an nichts mehr erinnern. Und berühmt sein wär' auch nicht schlecht, ein Künstler oder so.“ - Agent Smith: „Ganz wie sie wünschen, Mister Riggin?“ - Cypher: „Und ich geb' Euch was ihr wollt.“ Agent Smith: „Die Codes für den Zentralcomputer in Zion!“ - Cypher: „Nein, die kenn' ich nicht, dass wusstet ihr aber. Ihr kriegt den Mann der sie kennt!“ Agent Smith: „Morpheus!“). Vermittels diesen Zugangs zu dem Zentralcomputer soll es den Maschinen endlich möglich werden Zion, die letzte Zuflucht der Menschen in der realen Welt, zu vernichten. Neo, der bei der Rückkehr von dem Orakel beinahe Agent Smith in die Hände gefallen wäre, wird von dadurch gerettet, das Morpheus sich für ihn opfert und sich an seiner Stelle festnehmen lässt. Entgegegen allem bisherigen (jeder der sich einem Agenten gestellt hatte ist tot) wird Morpheus aber nicht getötet, sondern in ein militärisch gesichertes Gebäude gebracht, in dem er unter Folter den Code preisgeben soll. Cypher kann, zurück aus der Matrix, auf der Nebukadnezar Tank kampfunfähig machen und Dozer töten. Er bringt Apoc und Switch, zwei weitere Crewmitglieder, um, indem er ihre Anschlüsse an die Matrix ausklinkt, in der sie sich noch befinden. Tank kann, schwer verletzt, Cypher töten, bevor dieser Neo ausschalten kann.
Morpheus wird in ein militärisch bewachtes Hochsicherheitsgebäude gebracht und von drei Agenten verhört, unter denen auch Agent Smith ist. Die Agenten unterziehen Morpheus der psychischen und physischen Folter um an den Code des Zentralcomputers von Zion zu kommen. Hierzu wird Morpheus u.a. ein Serum injiziert, das ihn willenlos machen und es den Agenten ermöglichen soll „in sein Gehirn einzubrechen“. Morpheus aber bleibt standhaft aufgrund eigener Stärke und der Gewissheit das von der Nebukadnezar Hilfe kommt. Agent Smith, der Menschen für grundsätzlich schwach und minderwertig ansieht, wundert sich, warum das Serum nicht wirkt. Einer der Agenten meint: „Vielleicht stellen wir ihm die falschen Fragen.“
Tank will unter allen Umständen verhindern, dass es den Agenten gelingt, den Code des Zentralcomputers von Zion zu bekommen. Er möchte „den Stecker“ ziehen, d. h. Morpheus von der Matrix trennen. Dies aber bedeutet Morpheus’ Tod in der realen Welt. Neo lässt dies nicht zu und beschließt, Morpheus selbst zu retten. Tank warnt ihn, dies sei Selbstmord, denn Morpheus befände sich in einem militärisch bewachten Gebäude und werde von Agenten, d. h. Maschinen bewacht. Dennoch lässt sich Neo von seinem Entschluss nicht abbringen. Er begründet dies damit, dass er nicht der Auserwählte sei, was ihm das Orakel gesagt habe. Trinity glaubt ihm nicht und begleitet ihn, nachdem sie Neos Widerspruch, sie solle nicht mitkommen, mit Hinweis auf ihren höheren Rang auf der Nebukadnezar überwunden hat. Für das zu erwartende Gefecht mit den schwer bewaffneten Soldaten und den „Agenten“ lassen sich Trinity und Neo von Tank mit reichlich halb- sowie vollautomatischen Faustfeuerwaffen versehen. Dies erweist sich auch als unbedingt erforderlich. In einem langandauernden Schusswechsel schaffen sie es dann schließlich bis auf das Dach vorzudringen. Dort gelingt es ihnen einen Hubschrauber zu stehlen und fliegen damit vor das Fenster des Raumes, in dem Morpheus gefangen gehalten wird. Mit Hilfe der Minigun(Trommelgewehr) des Hubschraubers schaltet Neo die Agenten im Raum aus, und Morpheus schafft es, sich von seinen Fesseln zu befreien. Kurz vor dem Sprung aus dem Fenster trifft ihn ein „neuer“ Agent Smith ins Bein, aber Neo springt ihm entgegen und kann ihn fangen. Morpheus wird anschließend auf dem Dach eines benachbarten Hochhauses abgesetzt.
In der U-Bahn-Station trifft Neo auf Agent Smith und läuft mitnichten sofort davon sondern zeigt sich kampfbereit. Trinity ist darüber verwundert und erschrocken zugleich, doch Morpheus erklärt Neos Verhalten damit das dieser sein Auserwähltsein jetzt anzunehmen beginne (Morpheus: „Es wirkt, er glaubt an sich!“). In dem nun folgenden Kampf zwischen Agent Smith und Neo ziehen beide ihre Pistolen und feuern, was das Zeug hält. Allerdings sind die Magazine bald leer, und es kommt zum Nahkampf. Agent Smith gewinnt zunächst die Oberhand. Er schleudert Neo auf das Gleis der U-Bahn, damit ein herannahender U-Bahn-Zug Neo überrollt (Agent Smith: „Hören Sie, Mr. Anderson, das ist der Klang des Unvermeidlichen. Es ist der Klang Ihres Todes.“). Neo aber schafft es sich zu befreien (Neo erwidert grimmig in Bezug auf die Worte von Agent Smith: „Ich heiße Neo!“) und mit einer Rolle rückwärts von den Gleisen zu springen. Unmittelbar danach wird dann Agent Smith selbst von dem einfahrenden U-Bahn-Zug überfahren. Smith transferiert sich allerdings in den U-Bahn-Fahrer, bringt das Fahrzeug zum Stehen und nimmt erneut die Verfolgung von Neo auf. Dieser rennt aus der U-Bahn-Station und bittet Tank per Mobiltelefon ihm einen Ausgang aus der Matrix zu zeigen.
Zur selben Zeit wird der Rest der Crew auf der Nebuchadnezzar von mehreren High-Tech-Maschinen, den so genannten Wächtern (Squiddies), angegriffen. Die einzige Waffe der Rebellen gegen diese Biester ist der EMP (Elektromagnetischer Puls), der alle elektronischen Maschinen lahmlegt. Aber er kann erst eingesetzt werden, wenn Neo aus der Matrix zurück ist.
Dieser hat inzwischen das Zimmer mit dem Telefon erreicht, wo schon sein Erzfeind, Oberagent Smith, auf ihn wartet und ihn aus nächster Nähe erschießt. Neos Puls hört wenig später auf zu schlagen, er stirbt scheinbar.
Morpheus kann es einfach nicht fassen, er glaubt trotz allem immer noch an Neo. Auf dem Schiff wird dieser von der verliebten Trinity geküsst, die ihm sagt, er könne nicht tot sein, da ihr das Orakel prophezeit habe, dass sie sich in den Auserwählten verlieben werde. Wundersamerweise schlägt daraufhin Neos Puls wieder. Auf Trinitys Befehl („Und jetzt steh auf!“) rappelt sich Neo in der Matrix wieder auf. Er versteht nun endlich die gesamte Wahrheit und erkennt den Code, aus dem die Matrix eigentlich besteht, und begreift, dass er ihn nach Belieben verändern kann.
Die Agenten eröffnen zwar augenblicklich das Feuer auf ihn, doch Neo hebt daraufhin nur die Hand und spricht ein schlichtes „Nein”, worauf die Kugeln langsamer werden, vor ihm in der Luft zum Stillstand kommen und schließlich auf den Boden fallen. Smith packt nun die kalte Wut, und er stürzt sich auf Neo. Dieser wehrt jedoch alle Angriffe ohne Hektik, Anstrengung oder auch nur das geringste Zeichen von Aggression ab, greift einfach nur mit nachdenklichem Gesichtsausdruck in die richtigen Stellen in der Luft, an denen die Fäuste von Smith ankommen und versetzt ihm schließlich einen so wuchtigen und schnellen Tritt, dass er am anderen Ende des Flurs aufschlägt. Daraufhin rennt Neo zu Smith, springt in ihn hinein und überschreibt seinen „Code“ (mehr dazu in Matrix Revolutions). Damit wird Smith von Neo zerstört – als erster Agent überhaupt. Die beiden anderen Agenten sehen ein, dass sie gegen einen derart übermächtigen Gegner keine Chance haben und ergreifen die Flucht.
Neo rennt nun zum Telefon, und in dem Augenblick, als er sich aus der Matrix ausklinkt, zündet Morpheus den EMP. Damit können in letzter Sekunde alle Wächter erledigt werden, die schon tief in das Schiffsinnere eingedrungen waren.
Der Film endet, indem Neo in einer Telefonzelle in der Matrix die Maschinen warnt und erklärt, den Menschen die Freiheit bringen zu wollen. Dabei wird deutlich, dass er dieses Ziel nicht als Endziel betrachtet, sondern vielmehr als den Anfang einer real existenten Wirklichkeit. Neos Blick schweift noch einmal über die Menschenmassen auf der Straße. Dann sieht er in den Himmel, hebt ab und fliegt.
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Zuletzt geändert am 17:21, 01. Nov 2006