Am Anfang vom Burly Brawl ist ja auch ne Szene, in der Neo von ein paar Smiths festgehalten wird, und ein anderer Smith versucht zu übernehmen (Hand in Körper, ihr wisst schon), was aber nicht vollständig funktioniert.

Meine Frage: Warum wurde die Infektion abgebrochen?

Hat Neo die Infektion bekämpft, vielleicht sogar unterbewusst abgewehrt?

Hat Smith seinen Versuch zurückgezogen, weil er gemerkt hat, dass noch etwas fehlt?

Hat eine andere Macht (Bestimmung) ihn daran gehindert? (Neo musste ja bereit sein, sich übernehmen zu lassen).

Neo hat sich dagegenn gewehrt. Als Auserwählter war er stark genug, sich zu wehren.

Ich denke auch dass Neo sich gewehrt hat. Man kann seinen Gesichtsausdruck so deuten, dass er erst von dieser völlig neuen Form des Angriffs überrascht war, ihn aber dann zurückdrängen konnte.
Und in Revolutions sieht man dann an Neos Gesicht, wie er sich ergibt und sich absichtlich nicht wehrt.